尔雅生物信息学_3章节答案(学习通2023完整答案)

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第二章：生物数据库（第一部分）

单元测验02

1、尔雅FASTA序列格式以哪个符号开头？
A、生物>
B、信息学章习通<
C、节答#
D、案学*

2、完整从GenBank的答案哪一项注释中可以找到关于编码蛋白的信息？
A、SOURCE
B、尔雅RBS
C、生物CDS
D、信息学章习通ORIGIN

3、节答以下关于GenBank的案学描述，哪个是完整正确的？
A、GenBank里的答案一条数据库记录对应一个完整的基因。
B、尔雅GenBank里的一条数据库记录可能只包含某个基因的一部分。
C、真核生物的基因经常是分段存储在多条GenBank数据库记录里。
D、真核生物的基因都是整个存储在GenBank的一条数据库记录里。
E、原核生物的基因都是分片段存储在多条GenBank数据库记录里。
F、真核生物的基因以外显子为单位，一条数据库记录存储一个外显子。

4、以下哪个是NCBI下属的数据库？
A、GenBank
B、RefSeq
C、Gene
D、dbEST
E、Ensemble
F、HMP
G、ncRNA
H、Uniprot

5、关于HMP的描述，以下哪个是正确的？
A、HMP是人类微生物组学计划
B、HMP目前已包括人类所有器官的微生物宏基因组样本数据
C、HMP由J. Craig Venter Institute独立完成
D、HMP是人类基因组计划

6、以下关于PubMed的描述错误的是
A、任何生命科学领域的论文都可以从PubMed下载全文
B、PublMed是生物医学文献数据库
C、PubMed提供文章摘要和全文链接
D、1965年以前的文献没有被收录到PubMed里

7、以下哪些数据库是核酸数据库？
A、GenBank
B、EMBL-ENA
C、DDBJ
D、Swissprot
E、TrEMBL
F、Uniprot
G、PDB
H、SCOP
I、CATH
J、NCBI-Gene

8、以下关系式正确的是？
A、1G=1,000,000K
B、1T=1,000G
C、1T=1,000,000,000K
D、1T=1,000,000M
E、1G=1,000M
F、1G=1,000,000M
G、1G=1,000T
H、1T=1,000,000K
I、1M=1,000T
J、1T=1,000,000,000,000K

9、GenBank数据库中的检索号（Accession）和基因座名（Locus）指的都是一条序列在数据库中的编号，他们永远都是相同的。

10、当一个序列发生了改变，它的GenBank检索号（Accession）不变，但会被赋予一个新的GI号。

11、对于GenBank的一条数据库记录，只要版本号（Version）增加，必然会产生一个新的GI号。

12、GenBank里的一个序列因发生变化而被赋予新的GI号时，检索号（Accession）和版本号（Version）都不发生改变。

第二章：生物数据库（第二部分）

单元测验03

1、以下关于Swiss-Prot数据库和TrEMBL数据库的描述错误的是：
A、Swiss-Port和TrEMBL同属于UniProtKB数据库
B、Swiss-Port是手动完成的注释，TrEMBL是自动完成的注释
C、Swiss-Prot包含的序列少，TrEMBL包含的序列多
D、TrEMBL数据量大，其中也包含Swiss-Prot里的序列
E、Swiss-Port是自动完成的注释，TrEMBL是手动完成的注释
F、TrEMBL数据量大，但并不包含Swiss-Prot里的序列

2、以下哪个生物数据库提供信号传导通路信息？
A、Swiss-Prot
B、Pfam
C、DDBJ
D、PDB
E、KEGG
F、OMIM
G、GenBank
H、KEGG Pathway

3、以下不是非冗余的蛋白质/核酸数据库的是：
A、RefSeq
B、UniProtKB TrEMBL
C、UniProtKB Swiss-Prot
D、UniRef

4、全世界唯一存储生物大分子3D结构的数据库是：
A、UniProtKB
B、PDB
C、KEGG
D、OMIM
E、Pfam
F、CATH
G、Ensemble
H、DDBJ

5、PDB文件是如何存储蛋白质3D结构的？
A、通过存储GIF动画
B、通过存储氨基酸序列
C、通过存储全息影像
D、通过存储蛋白质中每个原子的3D坐标

6、以下哪种方法解析的蛋白质结构不可以提交到PDB数据库？
A、X射线衍射法
B、核磁共振法
C、冷冻电子显微镜技术
D、计算方法预测的结构模型

7、以下哪些是蛋白质数据库？
A、Swiss-Prot
B、TrEMBL
C、PIR
D、DDBJ
E、GenBank
F、Ensemble
G、CATH
H、SCOP2
I、FlyBase
J、PDB

8、下列关于生物数据库描述正确的是：
A、NCBI-GenBank、EMBL-ENA和DDBJ这三个数据库的数据通过“国际核酸序列数据库 联盟（INSDC）实时共享
B、PIR、Swiss-Prot、TrEMBL、PDB均属于蛋白质序列数据库
C、Swiss-Prot和TrEMBL同属于UniProtKB，他们的区别是，前者是手动完成的注释， 后者是自动完成的注释
D、PDB、CATH、Ensemble这三个数据库都是蛋白质数据库
E、Swiss-Prot和TrEMBL同属于UniProtKB，他们的区别是，前者是自动完成的注释， 后者是手动-完成的注释
F、PIR、Swiss-Prott、TrEMBL均属于蛋白质序列数据库

9、以下哪些是关于蛋白质结构分类的数据库？
A、CATH
B、SCOP2
C、SCOP
D、PDB
E、Uniprot
F、PIR
G、Ensemble
H、KEGG

10、以下关于PDB数据库描述正确的是：
A、PDB数据库是一级蛋白质数据库
B、PDB数据库存储大分子的3D结构
C、PDB数据库里既包含蛋白质的3D结构，也包含核酸的3D结构，以及二者的复合体结构
D、PDB数据库里只包含实验方法解析的大分子3D结构
E、PDB数据库是二级蛋白质数据库
F、PDB数据库只储存蛋白质分子的3D结构
G、PDB数据库里既包含实验方法解析的大分子3D结构，也包含计算机预测结构模型
H、X射线衍射法解析的蛋白质3D结构不能提交到PDB数据库

第四章：分子进化与系统发生

单元测验07

1、以下哪个不是构建系统发生树的基本算法？
A、最大简约法
B、邻接法
C、最大似然法
D、从头计算法
E、Smith Waterman算法

2、在同一物种中的来源于基因复制的同源蛋白属于？
A、直系同源
B、旁系同源
C、异同源
D、分支同源

3、来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的同源蛋白属于？
A、直系同源
B、旁系同源
C、异同源
D、分支同源

4、通过基因水平转移，来源于共生或病毒的侵染而产生的同源蛋白属于？
A、直系同源
B、旁系同源
C、异同源
D、分支同源

5、按照达尔文进化论学说，下列叙述正确的是？
A、鹿和狼在长期的生存斗争中相互进行选择，结果发展了自己的特征
B、不同岛屿上的加拉帕戈斯地雀因岛上食物不同，都长着独特的喙部
C、食蚁兽的长舌是因长期添食树缝中的蚂蚁反复伸长所致
D、生活在地穴水中的盲螈，因长期不用眼睛而失去视觉

6、拉马克提出的法则包括下列哪些？
A、用进废退
B、获得性遗传
C、物竞天择
D、适者生存

7、要根据一大组哺乳动物所具有的同源蛋白序列建立系统发生树，可以选择下列哪些物种作为外类群？
A、乌龟
B、蛇
C、大肠杆菌
D、小鼠
E、人
F、猕猴
G、拟南芥

8、为20个物种中的某个特定同源基因做出分子树，发现这20个物种在该树的相对关系与在的生命系统树（物种树）中的相对关系完全不同，这说明以下哪些情况是可能的？
A、基因水平转移
B、受到了特殊环境变化的影响
C、分子树构建错误
D、该基因经历了特殊的演化过程

9、相似序列并不一定是同源序列。

10、相似序列一定是同源序列。

单元作业04

1、TIRAP is an adapter molecule associated with toll-like receptors (TLRs) of the immune system, which identify pathogen-associated molecular patterns. This protein is involved in the TLR4 intracellular signaling pathway. It activates NFkB, MAPK1, MAPK3 and JNK, which then result in cytokine secretion and the inflammatory response. 附件tirap.fasta是人Homo sapiens、猕猴Macaca fascicularis、大象Loxodonta africana、马Equus caballus、鸡Gallus gallus、袋獾Sarcophilus harrisii、爪蟾Xenopus tropicalis、河豚Takifugu rubripes、剑尾鱼Xiphophorus maculatus、斑马鱼Danio rerio十个物种的TIRAP蛋白质序列。请用MEGA7为这些序列构建一株NJ树。MEGA7用ClustalW方法做出的多序列比对结果截图（1分）。参数设置页面截图：步长检验（BOOTSTRAP）取值100，其他参数默认（1分）。构建出来的Original Tree截图（1分）。构建出来的Bootstrap consensus tree截图（1分）。说出Original Tree和Bootstrap consensus tree树枝的长短有什么区别（1分）。

第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分）

单元测验08

1、全世界唯一存储生物大分子3D结构的数据库是：
A、PDB
B、UniProtKB
C、KEGG
D、CATH
E、Ensemble
F、Pfam

2、PDB文件是如何存储蛋白质3D结构的？
A、通过存储蛋白质中每个原子的3D坐标
B、通过存储GIF动画
C、通过存储氨基酸序列
D、通过存储全息影像

3、以下关于PDB数据库描述正确的是：
A、PDB数据库存储大分子的3D结构
B、PDB数据库里既包含蛋白质的3D结构，也包含核酸的3D结构，以及二者的复合体结构
C、PDB数据库里只包含实验方法解析的大分子3D结构
D、PDB数据库只储存蛋白质分子的3D结构
E、PDB数据库里既包含实验方法解析的大分子3D结构，也包含计算机预测结构模型
F、X射线衍射法解析的蛋白质3D结构不能提交到PDB数据库
G、核磁共振法解析的蛋白质3D结构不能提交到PDB数据库

4、以下哪些是解析蛋白质三级结构的实验方法？
A、X射线衍射法
B、核磁共振法
C、冷冻电子显微镜技术
D、从头计算法

5、DSSP可以根据蛋白质的氨基酸序列预测它的二级结构。

第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分）

单元测验09

1、以下不属于实验方法解析蛋白质三维结构的是？
A、X-射线衍射法
B、核磁共振法
C、冷冻电子显微镜法
D、从头计算法
E、同源建模法
F、穿线法

2、以下可用来预测蛋白质三维结构建模的软件是
A、QUARK
B、ITASSER
C、SWISS-MODEL
D、ROBETTA
E、Jpred
F、Verify3D
G、DSSP
H、ModFold

3、以下是蛋白质结构模型质量评估软件的是？
A、ModFold
B、PROCHECK
C、Verify3D
D、ProQ
E、Superpose
F、Jpred
G、DSSP

4、一条长度340的氨基酸序列，当无法找到一致度>30%的模板时，可以使用下列哪种方法预测它的三维结构？
A、ROBETTA
B、ITASSER
C、QUARK
D、SWISS-MODEL

5、蛋白质三维结构预测软件预测出的结构模型可提交到PDB数据库

6、蛋白质三维结构预测软件预测出的结构模型都可以直接使用，不需要验证质量

单元作业05

1、SeqA是鲨鱼肌红蛋白的氨基酸序列，用Swiss-Model（https://www.swissmodel.expasy.org/）全自动模式预测其三维结构模型，结果页面截图（1分）。保存第一个预测模型（Model 01），用ProQ（http://proq.bioinfo.se/cgi-bin/ProQ/ProQ.cgi）评估该模型质量（1分）。用VMD显示第一个预测模型（Model 01）的三维结构，Representation设置如下：（1）Drawing Method=NewCartoon（2）Coloring Method=Secondary Structure（3）Selected Atoms=all。 >SeqA MCDWDLINKVWAKVEEDLAGNGQTVLLRLFEEHPETKAHFPKFKDIPLGQLTSNADVKTHGNTVF KALGDVVKQKGKHASNLQALATTHINKHKIPPQNFTLITNVILKVFAEKFPGEMTAPAQEAFSKA FKAICSELEDLYKKGGFQS

学习通生物信息学_3

学习通生物信息学是一门高级的学科，它涉及到生物学、计算机科学、数学等多个领域的知识。在现代生物学中，生物信息学已成为一种必不可少的工具。它可以帮助我们更好地理解生物体系的复杂性，解决生物学研究中的问题。

基因组学与转录组学

基因组学是生物信息学的一个重要分支。它研究生物体的基因组，即DNA序列的结构和功能。基因组学的研究内容非常广泛，包括基因的发现、基因结构的分析、基因在不同物种之间的比较等等。

转录组学是基因组学的一个重要分支。它研究的是RNA在细胞内的表达和调控。转录组学的研究内容主要包括基因的表达水平、转录因子的调控机制等方面。

蛋白质组学

蛋白质组学是生物信息学的另一个重要分支。它研究的是蛋白质的结构、功能以及在细胞内的相互作用关系。蛋白质组学的研究内容主要包括蛋白质的鉴定、定量、结构预测以及蛋白质与蛋白质之间的相互作用等方面。

功能基因组学

功能基因组学是生物信息学的一个新兴分支。它研究的是基因的功能，包括基因的调控机制、信号传导通路等方面。功能基因组学的研究内容主要包括功能基因组的构建、信号通路的分析、基因调控元件的鉴定等方面。

序列分析

序列分析是生物信息学的基础技术，它是研究生物分子序列的结构和功能的重要手段。序列分析的研究内容主要包括序列比对、序列注释、序列数据库的构建和管理等方面。

结构生物学

结构生物学是研究生物分子三维结构的学科。结构生物学的研究内容主要包括蛋白质、DNA、RNA等生物分子的结晶、结构解析、分析和预测等方面。结构生物学可以为药物设计、疾病诊断和治疗等提供重要的帮助。

生物信息学在医学中的应用

生物信息学在医学中的应用很广泛，主要涉及到疾病的诊断、治疗和预防等方面。例如，生物信息学可以帮助医生预测某些疾病的发生概率，同时还可以为药物研发提供重要的帮助。

总之，生物信息学是一个非常重要的学科，它在生物学、医学等多个领域都发挥着重要的作用。相信在不久的将来，生物信息学会有更广泛的应用和更深入的研究。

学习通生物信息学_3

学习通生物信息学是一门高级的学科，它涉及到生物学、计算机科学、数学等多个领域的知识。在现代生物学中，生物信息学已成为一种必不可少的工具。它可以帮助我们更好地理解生物体系的复杂性，解决生物学研究中的问题。

基因组学与转录组学

基因组学是生物信息学的一个重要分支。它研究生物体的基因组，即DNA序列的结构和功能。基因组学的研究内容非常广泛，包括基因的发现、基因结构的分析、基因在不同物种之间的比较等等。

转录组学是基因组学的一个重要分支。它研究的是RNA在细胞内的表达和调控。转录组学的研究内容主要包括基因的表达水平、转录因子的调控机制等方面。

蛋白质组学

蛋白质组学是生物信息学的另一个重要分支。它研究的是蛋白质的结构、功能以及在细胞内的相互作用关系。蛋白质组学的研究内容主要包括蛋白质的鉴定、定量、结构预测以及蛋白质与蛋白质之间的相互作用等方面。

功能基因组学

功能基因组学是生物信息学的一个新兴分支。它研究的是基因的功能，包括基因的调控机制、信号传导通路等方面。功能基因组学的研究内容主要包括功能基因组的构建、信号通路的分析、基因调控元件的鉴定等方面。

序列分析

序列分析是生物信息学的基础技术，它是研究生物分子序列的结构和功能的重要手段。序列分析的研究内容主要包括序列比对、序列注释、序列数据库的构建和管理等方面。

结构生物学

结构生物学是研究生物分子三维结构的学科。结构生物学的研究内容主要包括蛋白质、DNA、RNA等生物分子的结晶、结构解析、分析和预测等方面。结构生物学可以为药物设计、疾病诊断和治疗等提供重要的帮助。

生物信息学在医学中的应用

生物信息学在医学中的应用很广泛，主要涉及到疾病的诊断、治疗和预防等方面。例如，生物信息学可以帮助医生预测某些疾病的发生概率，同时还可以为药物研发提供重要的帮助。

总之，生物信息学是一个非常重要的学科，它在生物学、医学等多个领域都发挥着重要的作用。相信在不久的将来，生物信息学会有更广泛的应用和更深入的研究。