中国大学微生物高通量数据分析入门_2答案(慕课2023完整答案)
61 min read中国大学微生物高通量数据分析入门_2答案(慕课2023完整答案)
测序技术的发展（测验）
1、以下哪一项不属于DNA测序的大学答案答案范畴
A、桑格尔测序
B、微生物高完整扩增子测序
C、通量宏基因组测序
D、数据转录组测序
2、分析通过微生物DNA测序，入门不能得到下列哪项信息？
A、慕课微生物物种信息
B、中国微生物基因信息
C、大学答案答案微生物代谢速率
D、微生物高完整微生物生态网络
3、通量以下对桑格尔测序的数据说法，不正确的分析是_______。
A、入门桑格尔DNA和蛋白质测序因为贡献巨大，因此分别获得过诺贝尔奖。
B、第二代测序是基于桑格尔测序的方法。
C、基于桑格尔方法的测序因为成本高昂而被后续方法替代。
D、桑格测序所用的dNTP包括dATP、dCTP、dGTP和dTTP。
4、DNA 测序中，将所获得的DNA片段随机进行测序，然后再将短的序列拼接进行分析的技术称为_____。
5、本章介绍的第三代测序技术包括Pacbio SMRT Seq和______两种。
R语言基础
R语言入门测验
1、现在你将用R语言安装一个名为“dplyr”的软件包，请写出它的命令__________。
2、你已经使用read.csv()命令打开了一个数据文件，并命名为data1，现在你想在R中打开data1，应该使用的命令是_____。
数据可视化（一）
ggplot小测验
1、在使用ggplot做数据可视化之前，需要进行数据准备，以下哪个软件包能够实现数据类型由宽型到长型数据的转变？
A、tidyRSS
B、tidyr
C、tidymv
D、tidytree
2、使用plyr软件包时，哪个命令可以增加一个新的变量？
A、mutate
B、select
C、filter
D、arrange
3、ggplot软件包中，facet函数的作用是什么？
A、设置具体绘图样式
B、修改坐标轴
C、将同一图中包含不同小图
D、设置主题样式
4、使用ggplot做柱状图，应该使用哪个命令？
A、geom_bar
B、geom_histogram
C、geom_line
D、geom_point
5、你已经做了一个散点图，并暂存为scatter，这时你想为该图添加一个标题"Awesome"，应该输入的命令是_____(提示：”scatter+“需要的命令）。
数据可视化（二）
ggplot小测验（二）
1、在ggplot2的主题方案设置中，axis.ticks.y的作用是（）
A、控制y轴的粗细
B、控制y轴的颜色
C、控制y轴的刻度
D、控制图例的背景
2、你已经绘制了一个命名为Queen的ggplot对象，现在想将其改为无背景、无网格线的样式，且图的标题字体加粗、大小为12磅，新绘制的对象保存为King。所需要的命令为（）
A、King<-theme_classic()+theme(plot.title=element_text(face="bold",size=12))
B、King<-Queen+theme_classic()+theme(plot.title=element_text(face="bold",size=12))
C、King<-Queen+theme_bw()+theme(plot.title=element_text(face="bold",size=12))
D、King<-Queen+theme_bw()+theme(axis.ticks=element_line(color="grey",size=1.2))
3、课件中介绍的基于ggplot2的拓展包中，哪一个可以进行图形化操作（）
A、ggsci
B、ggThemeAssist
C、ggthemr
D、ggthemes
4、自定义散点图中点的颜色所用的命令为（） （注：请探索其他选项的用法）
A、scale_colour_manual()
B、scale_linetype_manual()
C、scale_shape_manual()
D、scale_size_manual()
5、相较于ggtech，ggsci程序包提供的方案更常用于学术期刊发表（）
扩增子测序
扩增子测序小测验
1、扩增子数据分析的质量控制（QC）步骤中，质量评分（Quality score）为Q20所代表的含义为（）
A、测序的错误概率为99%。
B、测序的错误概率为90%
C、测序的正确概率为99%
D、测序的正确概率为90%
2、下列哪项数据库不能用于扩增子测序后的OTU预测（）
A、RDP数据库
B、KEGG数据库
C、Silva数据库
D、Greengenes数据库
3、下列哪种文件不是使用uparse方法预测OTU表所必须的（）
A、32位或者64位的usearch程序
B、测序数据
C、RDP等比对数据库
D、环境因子矩阵
4、在扩增子测序的质量控制这一步骤中，在执行./usearch11 -fastq_mergepairs SH_R1.fq -relabel @ -fastq_maxdiffs 10 -fastq_pctid 80 -fastqout SH.fq之后，输出的文件为（）
A、SH_R1.fq
B、SH_R2.fq
C、SH.fq
D、SH.fa
5、32位版的usearch软件，相较于64位版的usearch软件，能够处理体积更大的测序数据。
微生物定量生态学
微生物定量生态学单元测验
1、在用phyloseq对微生物群落数据进行探索性数据分析的时候，一个phyloseq对象包括以下哪些内容（）
A、微生物丰度表
B、微生物分类信息
C、环境因子信息
D、以上都可以
2、在phyloseq软件包中，用来绘制热图的命令是（）
A、Plot_bar()
B、Plot_heatmap()
C、Plot_ordination()
D、Plot_net()
3、下列哪项不属于非限制性排序方法（）
A、主成分分析（PCA）
B、对应分析（CA）
C、主坐标分析（PCoA）
D、典范对应分析（CCA）
4、利用phyloseq软件包中的plot_richness()命令计算微生物群落α多样性指数的时候，需要使用未经归一化的数据，而不是归一化之后的数据。
5、利用方差分解（VPA）分析，可以分析单独一种或一组环境因子对微生物群落变异的影响。
微生物生态网络分析
微生物生态网络分析单元测试
1、以下哪个软件包无法实现微生物生态网络可视化（）
A、igragh
B、gephi
C、ggtree
D、cytoscape
2、一个微生物生态网络的属性，不包括以下哪一项()
A、节点数量（number of vertices）
B、节点位置（position of vertices)
C、边数量（number of edges）
D、连接数（connectance）
3、在使用软件进行微生物生态网络可视化的时候，无法修改那种特征（）
A、节点的相对大小
B、边的颜色
C、节点的颜色
D、边的数量
4、通常来说，微生物之间的相互作用是随机的过程，因此，微生物网络的连接度分布往往呈现正态分布。
5、微生物生态网络分析只能够判别不同微生物之间是否有相互作用，但无法判别相互作用的方向性。
宏基因组测序
宏基因组测序单元测验
1、假设你正在计划一个实验，目的是研究稻田土壤中微生物抗生素抗性基因（Antibiotics Resistance Genes，ARGs）的分布，并探索新的耐药基因，以下哪种研究方法更适合（）
A、扩增子测序
B、转录组测序
C、宏基因组测序
D、以上都不适合
2、在宏基因组测序数据中，仅包含了细菌、古菌和真核生物的遗传信息，无法探测到病毒的遗传信息。
期末考试
期末考试——客观题
1、在R语言中，安装名为“dplyr”的软件包，所需的命令为（）。
A、install.packages(“dplyr”)
B、install.package(“dplyr”)
C、install.package(dplyr)
D、install.packages(dplyr)
2、你已经使用read.csv()命令打开了一个数据文件，并命名为data1，现在你想在R中打开data1，应该使用的命令 是_____。
A、view(data1)
B、head(data1)
C、rm(data1)
D、library(data1)
3、使用plyr软件包时，哪个命令可以增加一个新的变量？
A、mutate
B、select
C、filter
D、arrange
4、使用ggplot做柱状图，应该使用哪个命令？
A、geom_bar
B、geom_histogram
C、geom_line
D、geom_point
5、在ggplot2的主题方案设置中，axis.ticks.y的作用是（）。
A、控制y轴的粗细
B、控制y轴的颜色
C、控制y轴的刻度
D、控制图例的背景
6、在ggplot2中，自定义散点图中点的颜色所用的命令为（）
A、scale_colour_manual()
B、scale_linetype_manual()
C、scale_shape_manual()
D、scale_size_manual()
7、扩增子数据分析的质量控制（QC）步骤中，质量评分（Quality score）为Q20所代表的含义为（）
A、测序的错误概率为99%。
B、测序的错误概率为90%
C、测序的正确概率为99%
D、测序的正确概率为90%
8、在phyloseq软件包中，用来绘制热图的命令是（）
A、plot_bar
B、plot_heatmap
C、plot_ordination
D、plot_net
9、下列哪项属于限制性排序方法（）
A、主成分分析（PCA）
B、对应分析（CA）
C、主坐标分析（PCoA）
D、典范对应分析（CCA）
10、以下哪个软件包无法实现微生物生态网络可视化（）
A、igragh
B、gephi
C、ggtree
D、cytoscape
11、通过微生物DNA测序，能得到下列哪几项信息（多选）？
A、微生物物种信息
B、微生物基因信息
C、微生物代谢速率
D、微生物生态网络
12、下列选项中，属于第三代测序的技术是（多选）
A、Pacbio SMRT Seq
B、Oxford Nanopore
C、16S测序
D、桑格尔测序
13、以下对桑格尔测序的说法，正确的是_______（多选）。
A、桑格尔DNA和蛋白质测序因为贡献巨大，因此分别获得过诺贝尔奖。
B、第二代测序是基于桑格尔测序的方法。
C、基于桑格尔方法的测序因为成本高昂而被后续方法替代。
D、桑格测序所用的dNTP包括dATP、dCTP、dGTP和dTTP。
14、下列哪项数据库可以用于扩增子测序后的OTU预测微生物物种（多选）
A、RDP数据库
B、KEGG数据库
C、Silva数据库
D、Greengenes数据库
15、在用phyloseq软件包对微生物群落数据进行探索性数据分析的时候，一个phyloseq对象包括以下哪些内容（多选）
A、微生物丰度表
B、微生物分类信息
C、环境因子信息
D、测序原始数据
16、32位版的usearch软件，相较于64位版的usearch软件，能够处理体积更大的测序数据。
17、利用phyloseq软件包中的plot_richness()命令计算微生物群落α多样性指数的时候，需要使用未经归一化的数据，而不是归一化之后的数据。
18、通常来说，微生物之间的相互作用是随机的过程，因此，微生物网络的连接度分布往往呈现正态分布。
19、微生物生态网络分析只能够判别不同微生物之间是否有相互作用，但无法判别相互作用的方向性。
20、在宏基因组测序数据中，仅包含了细菌、古菌和真核生物的遗传信息，无法探测到病毒的遗传信息。
期末考试——主观题
1、假设你目前的课题是比较三种阔叶林森林土壤微生物群落。通过调查，你获取了森林土壤样品和环境因子数据（土壤水分、盐分、pH等），并对土壤样品进行扩增子测序。现在，你已经获得了扩增子测序的原始数据，结合本课程所学的数据分析方法，你计划如何继续分析微生物群落结构、微生物相互作用和环境因子的影响？简述你的计划。
2、分别谈一谈本课程最能帮助到你的一点，和需要改进的一点。
